特发性肾上腺皮质萎缩主要原因是自身免疫性的损伤,多数以上的特发性肾上腺皮质萎缩患者当中检测到针对肾上腺皮质的抗体,而细胞毒性T淋巴细胞也是它的病因之一,其中50%左右。
同时可以伴有其他自身免疫性内分泌疾病,被称为自身免疫性多发内分泌腺病综合征,主要有两种,一型、二型,一型少,二型多。一型常见于儿童平均的发病年龄是十二岁,属于常染色体隐性遗传,二型常发生于多代患病的家族当中,具有显性遗传的特征,平均发病年龄是24岁,一型和HLA无关,而二型和B8,D23和D24相关,发现它和第六对染色体有关系,两者情况都是自身免疫性的损伤,如在大多数患者血循环当中存在一种或数种针对内分泌性的自身抗体,都可以提示自身免疫性的异常。