引起便秘的器质性疾病包括肠道疾病,如结直肠肿瘤、结肠术后、肠扭转直肠脱垂、痔疮、肛裂、肛瘘等等;内分泌和代谢疾病有糖尿病、甲状腺功能亢进或减退、慢性肾病,尿毒症;神经系统疾病有自主神经病变,脑血管疾病,痴呆,多发性硬化症,帕金森病等等;以及肌肉疾病皮肌炎、硬皮病;而药物影响主要是指某些药物,如钙片、降压药、钙离子拮抗剂等等引起的便秘。
慢性便秘可由多种疾病引起,包括功能性疾病、器质性疾病、药物影响,慢性便秘大部分是功能性疾病,包括功能性便秘、功能性排便障碍和便秘型肠易激综合征,其中功能性便秘作为常见的,便秘往往是由这些引起的。