一般来说吸入性肺脓肿多合并厌氧菌感染,一般对青霉素比较敏感,仅脆弱拟杆菌对青霉素不敏感,但对林可霉素、克林霉素和甲硝唑敏感,可根据病情的严重程度决定青霉素剂量以提高坏死组织的药物浓度。体温一般在治疗三到十天内降至正常,然后可以改为肌注。
如果青霉素疗效不佳,可以选用克林霉素或甲硝唑口服或静脉应用,血源性肺脓肿多为葡萄球菌和链球菌感染,可以选用耐β-内酰胺酶的青霉素或头孢菌素。金黄色葡萄球菌感染的患者可以选用万古霉素和替考拉宁、利奈唑胺等进行抗炎治疗。如果为阿米巴原虫感染,则应当应用甲硝唑进行治疗,如果为革兰氏阴性杆菌感染则可以选用第二代或第三代头孢菌素,另外还可以联用氨基糖苷类抗生素等进行治疗。