在临床上直肠癌被误诊为痔或者是痢疾是最多见的。误诊的主要原因首先是病人自认为是痔，长期没有给予诊治，或者是前不久曾经行痔的手术，误认为是复发，或者是以往伴有慢性肠炎，菌痢等疾病，掩盖了直肠癌的症状。或出现大肠癌早期症状，重视程度不够，或者是自行简单治疗之后，症状短期内有所减轻，延误了就诊的时间，失去了早期诊断的机会，也有就医条件和经济条件受限，直到症状严重或简单治疗也不能改善的时候，才去就诊。
误诊的另一个主要原因是接诊医生业务水平低，对直肠癌早期症状不是很了解，缺乏警觉，应该指出对于患者出现便血，大便次数增多，或里急后重的临床症状时，如果能做便常规直肠直诊，肛门镜或者组织检查，绝大多数的误诊都是可以避免的。
病史询问不详细，仅满足于大肠，大便常规的检查，检查不认真，忽视了肛诊的必要性或者说满足于一次的病理检查的结果，有时这些阴性结果，往往与取材部位不准，采取组织较小有关系，也可能会因为内窥镜操作人员经验不足，疏忽了较小的病变，对有可疑癌变的情况重视不够。
另外x射线，有的时候可能因为部位较低或者是病灶较小漏诊，有些肿瘤本身具有向腔外生长为主的特性，所以腔内病理改变，症状出现比较晚，也是误诊的原因。
