容易与以下疾病相混淆:
一,先天性梅毒,因为先天性梅毒的新生儿也会出现肝脾的肿大、皮肤的瘀斑、脉络丛视网膜炎等等,与巨细胞病毒的感染相似。
二,婴儿肝炎,肝脏病理改变可见肝细胞水肿和类似慢性肝炎样改变,又可引起重型肝炎改变,引起胆管炎,胆汁淤积,黄疸,而鉴别点是巨细胞病毒感染,临床表现为多系统、多脏器的损害。
三,先天性风疹性,因为这样的宝宝出生的时候皮肤可以出现紫红色大小不一的斑点,常伴有肝脾的肿大、肝炎、溶血性贫血、耳聋等症状,与巨细胞病毒也有相似之处。但是如果宝宝同时伴有先天性心脏病、白内障,要首先考虑先天性风疹病毒感染。
同时还要与先天性弓形虫感染相鉴别,直接影响到胎儿的发育,严重畸形,表现和预后与先天性巨细胞病毒感染也有相似之处,主要是依据实验室的检查来鉴别。